Le Président des États-Unis fait du S.H.I.E.L.D. son unité d'intervention secrète. Elle œuvrera sous le nom de l'agence déjà connue et en place, l'A.T.C.U. Son nouveau dirigeant sera sous les ordres de Coulson. Au même moment, en Colombie, une activité étrange est détectée. L'équipe se rend sur place et Mack se fait rapidement enlever par un « Inhumain ». De son côté, Coulson met tout en œuvre pour retrouver Malick...